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Atualização importante de maio de 2025: Querida Comunidade, gostaríamos de informá-lo de uma alteração futura em relação aos conjuntos de dados abertos do Genomics atualmente disponíveis por meio do Azure. Após cuidadosa consideração, decidimos mudar nosso foco para novas iniciativas que melhor atenderão à nossa comunidade e se alinharão às nossas metas de longo prazo. Dessa forma, o acesso aos conjuntos de dados abertos do Genomics no Azure será preterido nos próximos meses. Entendemos que esses conjuntos de dados foram valiosos para pesquisa, desenvolvimento e aprendizado, e apreciamos profundamente as contribuições e o engajamento de nossa comunidade ao longo do tempo. Obrigado por sua compreensão e apoio.
O Consórcio Enciclopédia de Elementos do DNA (ENCODE) é uma colaboração internacional em andamento de grupos de pesquisa financiada pelo NHGRI (National Human Genoma Research Institute). A meta do ENCODE é criar uma lista abrangente de partes de elementos funcionais no genoma humano, incluindo elementos que atuam nos níveis de proteína e de RNA e elementos regulatórios que controlam células e circunstâncias nas quais um gene está ativo.
Os investigadores do ENCODE empregam uma variedade de ensaios e de métodos para identificar elementos funcionais. A descoberta e a anotação de elementos do gene são realizadas principalmente por meio do sequenciamento de uma variedade de fontes de RNA, de genômica comparativa, de métodos de bioinformática integrativa e de curadoria humana. Os elementos regulatórios normalmente são investigados por meio de ensaios de hipersensibilidade de DNA, de ensaios de metilação de DNA e IP (imunoprecipitação) de proteínas que interagem com DNA e RNA, ou seja, histonas modificadas, fatores de transcrição, reguladores de cromatina e proteínas de ligação a RNA, seguidos por sequenciamento.
Observação
A Microsoft fornece o Azure Open Datasets no estado em que se encontra. A Microsoft não oferece garantias nem coberturas, expressas ou implícitas, em relação ao uso dos conjuntos de dados. Até o limite permitido pela legislação local, a Microsoft se exime de toda a obrigação por danos ou perdas, inclusive diretos, consequentes, especiais, indiretos, acidentais ou punitivos, resultantes do uso dos conjuntos de dados.
Esse conjunto de dados é fornecido de acordo com os termos originais com que a Microsoft recebeu os dados de origem. O conjunto de dados pode incluir dados originados da Microsoft.
Fonte de dados
Esse conjunto de dados é um espelho do armazenamento de dados em https://www.encodeproject.org/
Volumes de dados e frequência de atualização
Esse conjunto de dados inclui aproximadamente 756 TB de dados e é atualizado diariamente.
Local de armazenamento
Este conjunto de dados está armazenado nas regiões do Azure Oeste dos EUA 2 e Centro-Oeste dos EUA. É recomendável alocar recursos de computação no Oeste dos EUA 2 ou no Centro-Oeste dos EUA por questão de afinidade.
Acesso aos Dados
Oeste dos EUA 2: “https://datasetencode.blob.core.windows.net/dataset”
Centro-Oeste dos EUA: “https://datasetencode-secondary.blob.core.windows.net/dataset”
Termos de uso
Os usuários de dados externos podem baixar, analisar e publicar resultados livremente com base em qualquer dado de codificação sem restrições, independentemente do tipo ou tamanho, e nenhum período de carência é incluído para a codificação de produtores de dados, seja como membros individuais ou como parte do consórcio. Os pesquisadores que usam dados do ENCODE que não foram publicados são encorajados a entrar em contato com os produtores dos dados para discutir possíveis publicações. O consórcio continuará a publicar os resultados dos próprios esforços de análise em publicações independentes.
O ENCODE solicita que os pesquisadores que usem conjuntos de dados do ENCODE (publicados ou não) em publicações e apresentações citem o Consórcio ENCODE em todas as formas a seguir relatadas em https://www.encodeproject.org/help/citing-encode/.
Contato
Se você tiver dúvidas, preocupações ou comentários, envie um email ao nosso suporte técnico em encode-help@lists.stanford.edu.
Próximas etapas
Exiba o restante dos conjuntos de dados no catálogo do Open Datasets.