ENCODE: DNA Elementlerinin Ansiklopedisi

Not

Önemli Güncelleştirme Mayıs 2025: Sayın Topluluk, Şu anda Azure üzerinden kullanılabilen Genomiks açık veri kümeleriyle ilgili olarak yakında yapılacak bir değişiklik hakkında sizi bilgilendirmek istiyoruz. Dikkatle değerlendirdikten sonra, odaklanmamızı topluluğumuza daha iyi hizmet edecek ve uzun vadeli hedeflerimizle uyumlu olacak yeni girişimlere kaydırmaya karar verdik. Bu nedenle, Azure'daki Genomiks açık veri kümelerine erişim önümüzdeki aylarda kullanım dışı bırakılacaktır. Bu veri kümelerinin araştırma, geliştirme ve öğrenme açısından değerli olduğunu anlıyoruz ve topluluğumuzun zaman içindeki katkılarını ve katılımını derinden takdir ediyoruz. Anlayışınız ve desteğiniz için teşekkür ederiz.

DNA Elementleri Ansiklopedisi (ENCODE) Konsorsiyumu, Ulusal İnsan Genom Araştırma Enstitüsü (NHGRI) tarafından desteklenen araştırma gruplarının devam eden bir uluslararası işbirliğidir. ENCODE'un amacı, protein ve RNA düzeylerinde hareket eden elementler ve bir genin etkin olduğu hücreleri ve durumları denetleyen düzenleyici öğeler de dahil olmak üzere insan genomunda işlevsel öğelerin kapsamlı bir parça listesi oluşturmaktır.

ENCODE araştırmacıları, işlevsel öğeleri tanımlamak için çeşitli incelemeler ve yöntemler kullanır. Gen öğelerinin keşfi ve açıklaması birincil olarak çeşitli RNA kaynakları, karşılaştırmalı genomiksler, tümleştirmeye dayalı biyoenformatik yöntemler ve insan seçkileri sıralaması kullanılarak gerçekleştirilir. Düzenleyici öğeler genellikle DNA hipersensitivite analizi, DNA metilasyonu analizi ve DNA ve RNA ile etkileşim kuran proteinlerin immünopresiptasyonu (IP), yani değiştirilmiş histonlar, transkripsiyon faktörleri, kromatin düzenleyicileri ve RNA bağlama proteinleri ile araştırılır ve ardından sıralanır.

Not

Microsoft, Azure Open Datasets'i "olduğu gibi" sağlar. Microsoft, veri kümelerini kullanımınızla ilgili olarak açık veya zımni hiçbir garanti veya koşul sağlamaz. Yerel yasalarınız kapsamında izin verilen ölçüde, Microsoft veri kümelerini kullanımınızdan kaynaklanan doğrudan, sonuçsal, özel, dolaylı, arızi veya cezai dahil olmak üzere tüm zarar veya kayıplar için tüm sorumluluğu kabul etmez.

Bu veri kümesi Microsoft’un kaynak verileri aldığı orijinal hükümler kapsamında sağlanır. Veri kümesi Microsoft’tan alınan verileri içerebilir.

Veri kaynağı

Bu veri kümesi https://www.encodeproject.org/ kaynağındaki veri deposunu yansıtır

Veri birimleri ve güncelleştirme sıklığı

Bu veri kümesi yaklaşık 756 TB veri içerir ve günlük olarak güncelleştirilir.

Depolama konumu

Bu veri kümesi Batı ABD 2 ve Orta Batı ABD Azure bölgelerinde depolanır. Benzeşim için Batı ABD 2 veya Orta Batı ABD'de işlem kaynaklarını bulmanızı öneririz.

Veri Erişimi

Batı ABD 2: 'https://datasetencode.blob.core.windows.net/dataset'

Orta Batı ABD: 'https://datasetencode-secondary.blob.core.windows.net/dataset'

Kullanım Koşulları

Dış veri kullanıcıları, türü veya boyutu ne olursa olsun kısıtlama olmadan herhangi bir ENCODE verisine göre sonuçları serbestçe indirebilir, analiz edebilir ve yayımlayabilir ve tek tek üye olarak veya Konsorsiyumun bir parçası olarak ENCODE veri üreticileri için yetkisiz kullanım süresi içermez. Yayımlanmamış ENCODE verilerini kullanan araştırmacıların olası yayınları tartışmak için veri üreticileriyle iletişime geçmeleri önerilir. Konsorsiyum, bağımsız yayınlarda kendi çözümleme çalışmalarının sonuçlarını yayımlamaya devam edecektir.

ENCODE, yayınlarında veya sunularında ENCODE veri kümelerini (yayımlanmış veya yayımlanmamış) kullanan araştırmacılarının https://www.encodeproject.org/help/citing-encode/ üzerinde bildirilen tüm şekillerde ENCODE Konsorsiyumunu referans olarak göstermesini ister.

İlgili kişi

Sorularınız, endişeleriniz veya yorumlarınız varsa yardım masamıza encode-help@lists.stanford.edue-posta gönderin.

Sonraki adımlar

Açık Veri Kümeleri kataloğundaki diğer veri kümelerini görüntüleyin.

  • Last updated on